בעקבות עתירת התנועה למען איכות השלטון החליט משרד החינוך לעצור כליל את העברת כספי התמיכות לעמותת "אל המעיין". זאת בנוסף ל- 7 מיליון שקלים שהעברתם נעצרה בצו מניעה ארעי, שהוציא בית-המשפט בעקבות העתירה. במכתב שנשלח לתנועה מעדכנת הפרקליטות כי דרשה לקבל מ"אל המעיין" את כל המסמכים הנדרשים לה על-מנת לוודא שכספי התמורה הוצאו "למטרת התמיכה במוסדות ולמטרה זו בלבד".
התנועה לאיכות השלטון
במכתב הפרקליטות לתנועה המעדכן את מצב הטיפול בתיק הודיעה הפרקליטות, כי מאז שהוגשה העתירה התקיימו מספר ישיבות עם משרד החינוך ועם רואי החשבון המבקרים, וכי, כאמור, הפרקליטות עומדת על קבלת כל המסמכים הרלוונטיים מתנועת "אל המעיין" על-מנת לוודא שכספי התמיכה הוצאו "למטרת התמיכה במוסדות ולמטרה זו בלבד". כמו-כן, כתבה הפרקליטות, כי לאחר שבדקה את המכתבים מן הלשכה המשפטית של משרד החינוך נמצא כי ב- 14.4.04 ניתנה ע"י הלשכה המשפטית של משרד החינוך הוראה לחשב משרד החינוך לדאוג לכך שלא יעבור תשלום כלשהו לעמותת "אל המעיין". בדצמבר 2003 הוציא בג"צ צו מניעה ארעי המורה לחשב הכללי ולועדת התמיכות להימנע מלהעביר לעמותת אל המעיין כספים נוספים בגין תקציב תרבות יהודית לשנת 2002 וזאת עד מתן החלטה אחרת. זאת, בהתאם לבקשת התנועה למען איכות השלטון בעתירתה כנגד הכפלת התמיכות לעמותת "אל המעיין" מ-7 מליון שקל ל-14 מליון. התנועה ביקשה מבית המשפט באמצעות עוה"ד אליעד שרגא, ברק כלב ונילי אבן חן, להוציא צווים על תנאי שיורו לשרת החינוך, לחשב הכללי במשרד האוצר ולועדת התמיכות במשרד החינוך לנמק מדוע לא ימנעו מהעברת כספים לעמותת אל המעיין אשר מעלים את סך התמיכות שקיבלה לשנת 2002 מ- 7 מליון כפי שאושרו במקור, ל- 14 מליון שקל. זאת, כאשר כספים אלו עתידים היו להיות משולמים על פי דווח משופץ שהוגש בדיעבד לוועדת התמיכות במהלך שנת 2003 ומבלי שהשתנו לכאורה הנסיבות המצדיקות את התיקון. תקציב ועדת התמיכות של שיעורי תורה ותרבות יהודית לשנת 2002 עמד על כ- 60 מליון ₪ והיה אמור להיות מחולק בשקיפות, בהתאם לקריטריונים שוויוניים והנחיות אשר נקבעו בחוק ובתקנות, ובין היתר, הזכאים לו צריכים לעמוד במכלול הדרישות הפרוצדוראליות והמהותיות שבהגשת הבקשה. התנועה טענה בעתירתה, כי הכפלת המענק פוגעת בגופים נתמכים אחרים אשר כתוצאה מההכפלה מוקטנת זכאותם לתמיכה ממשרד החינוך כך שחלקה של אל המעין עלה ל- 25 אחוז מכלל תקציב התמיכות. בקשותיה החוזרות והנשנות של התנועה לקבלת מידע ממשרד החינוך בנוגע לתמיכות לא נענו כלל באופן ענייני, תוך סחבת בלתי ראויה, לא נאות משרד החינוך לספק כל מידע ענייני או תשובות כל שהן לגופו של דבר על אף בקשות התנועה וחרף דחיפות הנושא. התנועה ציינה בעתירתה כי אי העברת המידע לידי התנועה עד כה מהווה הפרת לשונו ורוחו של חוק חופש המידע אשר אף אם קבע מועדים מקסימאליים וודאי לא התכוון כי הרשויות יעשו שימוש במועדים אלו כאשר אין לכך הצדקה עניינית וכאשר דחיפות המידע מתעוררת בבירור בנסיבות המקרה. במקרה זה ישנה דוגמא כיצד הפך חוק חופש המידע בדרך בה הוא מופעל ע"י הרשויות למכשול ביורוקראטי במקום כלי לקידום השקיפות.