התנועה לאיכות השלטון פנתה לראש הממשלה בקריאה לשיתוף פעולה אמיתי עם המועצה לביטחון לאומי באופן שוטף ולקראת ועדת אנאפוליס בפרט.
בפנייתה מציינת התנועה כי חרף קביעת דו"ח הביניים של ועדת וינוגרד, לא מתקיים שיתוף בפועל של מל"ל בנושאים מדיניים-ביטחוניים. דבר שאינו סביר בעליל לנוכח כשלי מלחמת לבנון השנייה..
במכתבה לראש הממשלה, שר הביטחון ויו"ר המועצה לביטחון לאומי, מציינת עו"ד דפנה קירו-כהן בשם התנועה למען איכות השלטון בישראל כי דו"ח הביניים של ועדת וינוגרד, מחודש אפריל 2007, העלה כי יש צורך בשיפור ממשי של תהליכי קבלת ההחלטות בנושאים מדיניים-ביטחוניים. אף על פי כן ולמרות שהוחלט כי המועצה לביטחון לאומי (מל"ל) היא הגוף שאמור למלא תפקיד זה, ציינה הועדה כי "הדבר טרם עלה יפה".

בדו"ח הביניים שלה קבעה הוועדה, כי לשם קיומם של תהליכי קבלת ההחלטות מוצלחים "הכרחי באופן דחוף לחזק עבודת מטה בצורה שתאפשר לראש הממשלה לקבל החלטות מושכלות יותר מבחינה מקצועית, בנושאים מדיניים ביטחוניים, על בסיס עבודת מטה מעולה מצד אחד, ותכלול עצמאי של ראש הממשלה מצד אחר, ללא תלות בלעדית בהערכות מערכת הביטחון ובהמלצותיה." לפיכך, קבעה ועדת וינוגרד כי אין די בשיפורים "קטנים", אלא יש צורך בבנייה מחדש, שתהווה משום "קפיצת מדרגה" ותכלול הגדרת משימות מל"ל בצורה מפורשת, חיזוק צוות המל"ל מבחינה איכותית וכמותית, הקמת צוות הערכה לאומי ומעל לכל, עיגון המל"ל בחוק, שיקבע את משימותיה, סמכויותיה ודרך המינוי של בכיריה.

אף הממשלה עצמה הכירה בצורך זה ואף קיבלה החלטה בנוגע ליעודה, תפקידה ודרכי פעולתה של המל"ל. משנה תוקף להכרה זו נתן יו"ר ועדת החוץ והביטחון, ח"כ צחי הנגבי, במכתבו מיום 4.6.2007, בו אמר שהחקיקה הנוגעת למועצה לבטחון לאומי "גובשה לאחר שבדיוני הועדה ובועדות המשנה, במהלך המלחמה ואחריה, הוכר הצורך בשינוי תיפקודה ובחיזוקה של המועצה לביטחון לאומי". במכתב המשך הוסיף ח"כ הנגבי ואמר כי "אנו מייחסים משקל מיוחד לצורך הדחוף בחיזוקה של המועצה לביטחון לאומי".

חרף אמירות אלו, סוברת התנועה, כי הצעת החוק, בין אם תאושר ובין אם לאו, איננה חזות הכול ואיננה יכולה לשמש תחליף ליישום לאלתר של המלצות דו"ח הביניים הנוגעות למל"ל, ובכלל כך שיתופה והתייעצות עמה בכל הנוגע לקבלת החלטות בנושאים מדיניים ביטחוניים. זאת בפרט לאור, לקחי מלחמת לבנון השנייה, וההליכים הביטחוניים – מדיניים שעומדים כרגע על הפרק.
חששותיה של התנועה מבוססים על פרסומים בתקשורת, מהם עולה כי לשכת ראש הממשלה כמעט שאיננה משתפת את המל"ל בהכנות לקראת האירוע המדיני הגדול – הוא ועידת אנאפוליס. בכך ממשיך ראש הממשלה את מסורת קודמיו, בהתעלמות מהמל"ל, והפיכתו הלכה למעשה לגוף בלתי רלבנטי. יש לציין כי נראה שזו הסיבה המרכזית, לפרישתו של יו"ר המל"ל, מר אילן מזרחי, אשר פרסומים בתקשורת מייחסים לו תחושת חוסר מיצוי תפקידו "בנסיבות התרבות הפוליטית של מדינת ישראל, המועצה לביטחון לאומי לא יכולה לקבל תפקיד מרכזי".

התנועה סוברת אין די בהחלטות והצהרות, ובמבחן היחידי שהוא מבחן המעשה, שמתגלם בשיתופה המהותי של המל"ל בהליכי קבלת החלטות מדיניים – ביטחוניים, נכשל ראש הממשלה כישלון חרוץ. לכן נוכח הכשלים שהתגלו במלחמת לבנון השנייה; נוכח המלצותיה במפורשות של ועדת וינוגרד בדו"ח הביניים; נוכח ההכרה בחשיבות ובצורך של שיתוף גוף מקצועי כמל"ל בהליכי קבלת ההחלטות; נוכח החלטת הממשלה; ונוכח הפגיעה הקשה באמון הציבור-
אי שיתוף מהותי של המל"ל בהליכים מדיניים–ביטחוניים, הנו בלתי סביר באופן קיצוני, וככזה עליו להיפסק לאלתר.
מכיוון שכך מבקשת התנועה את תגובתם של ראש הממשלה, שר הביטחון ויו"ר המל"ל, בטרם תשקול את המשך צעדיה המשפטיים.