התנועה למען איכות השלטון פנתה לוועדה לענייני ביקורת המדינה בדרישה לקיים דיון דחוף בנוגע לליקויים הקשים בהתנהלות "יד ושם", שנמצא מבקר המדינה בשנת 2002
המסקנות החריפות של המבקר עוסקות בין השאר בהתנהלות כושלת במערך גיוס התרומות וניהול הכספים, התנהלות בזבזנית של בית הספר המרכזי להוראת השואה ובחירת קבלנים שלא כחוק
במכתבה ליו"ר הועדה לענייני ביקורת המדינה, ח"כ זבולון אורלב, מציינת התנועה למען איכות השלטון, כי חרף הממצאים הקשים שהעלה דו"ח מבקר המדינה 53א, עוד בשנת 2002, לא נעשה דבר לשם יישום מסקנותיו.
עם זאת ואף על פי הממצאים החריפים שעולים מדו"ח המבקר, עולה מבדיקת התנועה עם מנהלת הוועדה, הגב' חנה פריידין, כי מעולם לא נערכו דיונים בוועדה בנוגע לדו"ח. זאת למרות שתקנון הכנסת קובע במפורש, כי תפקיד הוועדה הינו לדון בדו"חות מבקר המדינה ובסמכותה לפעול ליישום מסקנותיו והמלצותיו. הדבר תמוה עוד יותר לאור העובדה שהדו"ח פורסם לפני למעלה מחמש שנים.
בין הממצאים הקשים שמציין המבקר בדו"ח, עולה כי בחירת האדריכל לתכנון "פרויקט 2001" לא נעשתה על-פי כללים מסוימים וקבועים מראש, כפי שנדרש מועדת המכרזים. כמו-כן מההליכים לבחירת הקבלן מצטיירת העדפה מובהקת של הקבלן שנבחר לביצוע הפרויקט, למרות שלא היה המציע העדיף ולא עמד בקריטריונים של הוועדה המקצועית.
עוד עולה מהדו"ח כי בית הספר המרכזי להוראת השואה לא עושה שימוש בכלים, במכשור ובטכנולוגיה שהועמדו לרשותו. לטענת המבקר נראה כי התנהלות ביה"ס לא יעילה, גורמת לבזבוז משאבים יקר, וכן מקשה על פיקוח ומעקב של הגורמים האמונים על-כך.
הדו"ח אף מעלה ממצאים קשים לגבי הקשר בין "יד ושם" לאגודות הידידים השונות ברחבי העולם. לטענת המבקר "יד ושם" לא עיגנה את הקשרים בינה לבין האגודות בהסכמים כתובים שיאפשרו קבלת נתונים שונים על התרומות, בין היתר דוחות כספיים ויקנו לה סמכויות בקרה על פעולותיהם של אגודות הידידים.
גם בפן גיוס התרומות מצא מבקר המדינה בעיות רבות. כשלים מעין אלו, ברשות שעיקר פעילותה ממומנת על-ידי כספי תרומות, מאירים את פעילותה באור שלילי ביותר. בין היתר עולה מהדו"ח כי כספי הקרנות של "יד ושם" מושקעים כמו כל יתרות הכספים של הרשות בחשבון הבנק השוטף של הרשות; "יד ושם" זוקפת לזכות הקרנות רק חלק מהתשואה שהשיגה על השקעת הכספים ; לא נקבעו כללי טיפול לתרומות המועברות ישירות לעובדי "יד ושם" ; אין נהלים בנוגע להמצאת אישורים לתורמים ; ישנם ליקויים קשים בכל הקשור להתנהלותו של אגף הכספים. לטענת המבקר, בבדיקה שנעשתה באגף נמצאו ליקויים בנהלים, במחשוב, בבקרה על סדרי קבלת הכספים ב"יד ושם" ובקשרים שבין אגף הכספים לאגפים האחרים. כן טוען המבקר כי היעדר נהלים ברורים בענייני כספים, פוגע באיסוף התרומות לרשות וכתוצאה מכך בפעילותה.
הדו"ח קובע עוד כי "יד ושם" חתמה על הסכמי נדל"ן בינה לבין ארגונים ואנשים פרטיים, לפיהם "יד ושם" תקבל בעלות על נכסים בתמורה להנצחת שמות נספים מבלי לערוך בדיקות כדאיות, ולעיתים אף מבלי להבטיח את זכויותיה בנכס.

לאור ממצאים חמורים אלו ברשות הרשמית היחידה, שהוקמה למטרות זיכרון והנצחה בישראל ועליה מסתמכים אזרחי ישראל ויהודים בתפוצות, ולאור משך הזמן הארוך שחלף מאז פרסום הדו"ח ועד היום, קוראת התנועה לוועדה לפעול בדחיפות לשם בדיקה מעמיקה ומהירה של הנושא.