לאור מחאתה של התנועה למען איכות השלטון בישראל, קצבאות ניצולי השואה יועברו דרך הלשכה לשיקום נכים במשרד האוצר ולא דרך ועידת התביעות, אשר פועלת בחוסר שקיפות, ואשר אינה נתונה לפיקוח שום גוף ביקורת במדינת ישראל.

בתאריך ה-6.1.2008 התקבלה החלטת הממשלה בעניין חלוקת קצבאות ניצולי השואה יוצאי מחנות וגטאות. אחת האפשרויות אשר נקבעה לביצוע התשלומים הייתה באמצעות הסכם עם ועידת התביעות החומריות של היהודים נגד גרמניה (ועידת התביעות).
עוד באותו היום פנתה התנועה אל ראש הממשלה, שר האוצר, השר לענייני גמלאים, היועץ המשפטי לממשלה, שר הרווחה ומנכ"ל משרד ראש הממשלה על מנת למנוע את העברת הכספים לניצולים דרך ועידת התביעות. בפנייתה ציינה התנועה כי ועידת התביעות היא גוף לא ישראלי אשר הוקם בארצות-הברית מכוח חוק גרמני. עוד הדגישה התנועה כי למדינת ישראל אין יכולת בקרה או פיקוח אפקטיבית על פעולות הועידה. הארגון אינה נתון לביקורת מבקר המדינה או כל גוף ביקורת אחר בישראל. עוד ציינה התנועה כי ממצאי דו"ח בר לב אשר חובר לאחרונה בעניין התנהלות ועידת התביעות מלמד כי הארגון פועל בהיעדר שקיפות בנוגע לאופן ניהול ושווי הנכסים שבידו וכן מצביע על ליקויים חמורים בהליכי הביקורת הפנימית של הארגון.
בנוסף, דברי ביקורת קשים הושמעו בעניין התנהלות ועידת התביעות גם מצד חברי כנסת במהלך ישיבת ועדת הקליטה בינואר 2007. בין היתר נאמר כי ועידת התביעות פועלת בניגוד לחוקי מדינת ישראל ונגועה בניגוד עניינים בולט, שכן ראשי ועידת התביעות הם ראשי הארגונים היהודיים המתוקצבים מכספיה.
בהמשך לפנייתה של התנועה התקבלה בתאריך ה-9.1.2008 החלטת ממשלה לפיה הלשכה לשיקום נכים במשרד האוצר היא זו שתעביר את התשלומים, עד להחלטה אחרת שיקבל שר האוצר. הוחלט כי ועידת התביעות תתבקש בשלב הראשוני להגיש סיוע טכני גרידא בתהליך איתור הניצולים, מקבלי קצבת הבטחת הכנסה, הזכאים לקצבה.
בתשובה שהתקבלה בעקבות פניית התנועה, מטעם הממונה על התקציבים במשרד האוצר, ציין הממונה כי האפשרות להסתייע בועידת התביעות לצורך העברת הכספים להם זכאים ניצולי השואה נעוצה ב"יתרונות התפעוליים" לכאורה שיש לביצוע התשלומים באמצעותם. התנועה השיבה למכתבו של הממונה בציינה בין היתר כי הקושי לפקח ולבקר על ועידת התביעות וכן חוסר השקיפות בהתנהלותה אינם בגדר "יתרונות תפעוליים" המצדיקים היעזרות בארגון לצורך חלוקת כספי הקצבאות.
כחודשיים לאחר קבלת ההחלטה הראשונית, בתאריך ה-5.3.2008, התקבלה תשובתו של משרד הרווחה והשירותים החברתיים בה נאמר כי לפי החלטתה הסופית של הממשלה, הגוף אשר ישלם לקבוצת יוצאי המחנות והגטאות יהיה הלשכה לשיקום נכים במשרד האוצר, ולא ועידת התביעות, כפי שחשבו מלכתחילה.