מחלוקת חריפה בין משרד הביטחון ומשרד האוצר גורמת מזה מספר שנים לחריגות ויעילות נמוכה בניצול תקציב משרד הביטחון. התנועה למען איכות השלטון דורשת מראש הממשלה להתערב.
*התיק נוהל ע"י סטודנט מהקליניקה המשפטית של האוניברסיטה העברית.*
תקציב משרד הביטחון הוא הגדול מבין תקציבי הממשלה, אולם הוא מסווג ברובו ואינו מפורסם בפירוט כפי שמפורסמים יתר תקציבי המשרדים. כתוצאה מכך, הועלו לאורך השנים, ע"י גופים ציבוריים, מכוני מחקר ואף ע"י משרד האוצר טענות לגבי יעילות ניהול התקציב והיעדר בקרה נאותה. ב-2005 פרסם מבקר המדינה דו"ח בנושא תקציב משרד הביטחון, שבין שאר ממצאיו, קבע שיש לשפר את שיתוף הפעולה בין משרד האוצר והביטחון, בהנחיית משרד ראש הממשלה, ובפרט ציין את נושאי השקיפות, היעילות והבקרה כטעוני שיפור. ועדת ברודט, שבחנה את תקציב משרד הביטחון והגישה מסקנותיה במאי 2007, מצאה ממצאים דומים שהובילו לטענתה ליעילות נמוכה בניהול התקציב, ואף המליצה על סדרת צעדים לשיפור ופתרונות, ובהם הקמת ועדת מומחים ובכירים בין משרדית ייעודית לנושא וכינון מנגנוני פיקוח ובקרה שונים.
המלצות המבקר והוועדה יושמו באופן חלקי בין המשרדים, ובהמשך לאישור תקציב המדינה לשנים 2011-2012 מדצמבר אשתקד, פרסמו משרד האוצר ומשרד הביטחון מסמכים רשמיים באתריהם המאשימים זה את זה בהתחמקות מביצוע ההמלצות והסכמים קודמים, כשמשרד האוצר טוען להיעדר כלים מתאימים לפיקוח על תקציב משרד הביטחון וקבלת החלטות של מיליארדי שקלים בדיונים פנימיים צה"ליים ללא בקרה נאותה, ואילו משרד הביטחון מצידו מאשים את משרד האוצר בהפרת הסכמים קיימים וניסיונות ליטול ממנו סמכויות ניהול תקציב, רכש ושכר.
בעוד שני המשרדים מנגחים זה את זה לעיני כל, פרסם בנק ישראל דו"ח הקובע שתקציב הביטחון חרג במידה ניכרת מהתקציב המקורי בכל שנה בשנים האחרונות, פרסום שזכה לתהודה בעיתונות, לצד פרסומים דומים אחרים מצד מכוני מחקר ותחקירים עיתונאיים.
לאור כל זאת, פנתה התנועה למען איכות השלטון למשרד ראש הממשלה להתערב בסוגיה ולפעול לכינון מנגנוני פיקוח ובקרה נאותים, ובפרט הקמת ועדת בכירים ומומחים בעלת סמכויות להסדר הנושא ופיקוח שוטף על תקציב משרד הביטחון.