אהוד ברק תומך בעמדת התנועה לאיכות השלטון וקורא לקיים חקירת משטרה מלאה בפרשת הרפז.
לעומת זאת, גבי אשכנזי בתגובתו לעתירת התנועה:
"אין מקום להרחיב את החקירה הפלילית"
בעקבות עתירת התנועה לאיכות השלטון בעניין "פרשת הרפז" שר הביטחון לשעבר, אהוד ברק, והרמטכ"ל לשעבר, רא"ל (במיל) גבי אשכנזי, מציגים לבית המשפט את עמדותיהם בעניין הרחבת החקירה הפלילית בפרשה
עמדותיהם של שר הביטחון לשעבר, אהוד ברק, ורא"ל (במיל') גבי אשכנזי הוגשו לאור עתירת התנועה לאיכות השלטון. התנועה מבקשת להוציא צווים על תנאי כנגד היועמ"ש בעקבות החלטתו שלא לפתוח בחקירה פלילית כוללת בפרשת הרפז, אלא להסתפק בחקירה צבאית פלילית מוגבלת ומצומצמת כנגד שני נחקרים בלבד. עמדת התנועה לאיכות השלטון, היא כי ההחלטה בלתי סבירה באופן קיצוני, מפלה, בלתי מידתית ומביאה לפגיעה חזיתית וקשה בנראות פני הצדק ובאמון הציבור במערכת אכיפת החוק.
בתגובתו של שר הביטחון לשעבר, אהוד ברק לעתירת התנועה לאיכות השלטון צוין, כי חומר הראיות שנאסף ע"י המבקר, מעלה חשד ברור ומוצק לביצוע עבירות פליליות לכאורה באופן החותר תחת נורמות היסוד של המשטר הדמוקרטי, של רוח צה"ל. עבירות שכוונו לכאורה לפגוע בהליך הדמוקרטי של מינוי הרמטכ"ל הבא של צה"ל, בשר הביטחון המכהן ואף באחרים. מדובר בעבירות לכאורה של קשירת קשר לשיבוש הליכי שלטון וממשל, הפרת אמונים, שימוש במסמך מזויף, תיאום עדויות ושיבוש הליכי משפט ועוד, על זאת בצד חשד ממשי לביצוע עבירות צבאיות.
בנוסף, מציין ברק, כי האינטרס הציבורי מחייב כי העדויות הדרמטיות יחקרו עד תום היות והימנעות מלחקור את הטענות שהועלו, עלולה להתפרש כהשלמה עם נורמות התנהגות פסולות, ואף עברייניות, אשר מדינת ישראל אינה צריכה ואינה יכולה להשלים עמן.
לעומת זאת, הרמטכ"ל לשעבר, רא"ל (במיל'), גבי אשכנזי משיב לעתירת התנועה לאיכות השלטון כי עיקרה של הפרשה הוא בהיבטים הציבוריים שלה, ואלו נבחנו על ידי מבקר המדינה ועל כך הוצא דוח ביקורת. על כן, לדברי אשכנזי, אין מקום להרחיב את החקירה הפלילית שכבר נפתחה בפרשה.