התנועה לאיכות השלטון פנתה ליועץ המשפטי לממשלה, למבקר המדינה ולמנהל רשות החברות הממשלתיות לבחון את ההיבטים הפליליים ו/או המשמעתיים הנוגעים להתנהלותם של נציגי משרד התחבורה ומעורבותו לכאורה של השר כץ, בכל הנוגע להצבעתם של הנציגים לעניין מינוי מנכ"ל רכבת ישראל,

מכתבה של התנועה ליועץ המשפטי לממשלה, למבקר המדינה ולמנהל רשות החברות הממשלתיות מטרתו לבחון את ההיבטים הפליליים ו/או המשמעתיים הנוגעים להתנהלותם של נציגי משרד התחבורה ומעורבותו לכאורה של השר כץ, בכל הנוגע להצבעתם של הנציגים לעניין מינוי מנכ"ל רכבת ישראל, ובמידת הצורך לפתוח בחקירה בעניין זה. הדירוג שנתנו נציגי משרד התחבורה למועמדים, כפי שפורסם בתקשורת, מעלה חששות כבדים של תיאום עמדות מוקדם בין הנציגים לבין שר התחבורה ושל ההצבעה מגמתית ובלתי תלויה באופן שייתכן ועולה כדי מעילה באחריות הציבורית.
החששות באשר להתנהלותו של השר כץ בתפקידו כשר התחבורה גוברים לאור דו"ח מבקר המדינה אשר תקף בעבר בחריפות רבה את המינויים הפוליטיים שבוצעו במשרד החקלאות עת השר כץ עמד בראשו.
מפרסומים עולה, כי בסוף חודש אפריל אמור היה המנכ"ל הנוכחי, יצחק (חקי) הראל, לפרוש מתפקידו כמנכ"ל רכבת ישראל. לפי הפרסומים, בימים אלה מתקיים באמצעות ועדת איתור הליך איתור למציאת מנכ"ל חדש לרכבת ישראל.
ביום ה-02/05/2010 פנתה התנועה בבקשה להשעיית כהונתו של מר אפרתי כיו"ר ועדת האיתור למנכ"ל רכבת ישראל, ובבקשה לבדיקה חוזרת בעניין כהונתו כיו"ר הדירקטוריון של רכבת ישראל. פנייה זו נשאה פרי משמר אפרתי השעה עצמו מתפקידו .
בתאריך 10.5.2010 פנתה התנועה למבקר המדינה ולמנהל רשות החברות הממשלתיות, בטענה כי תהליך איתור המחליף, שטרם נשלם, מעלה סימני שאלה קשים בין היתר, מתעורר חשש כי ההליך נגוע באינטרס פוליטי לכאורה של שר התחבורה, מר ישראל כץ למנות מועמד מטעמו. לאור חששות אלו, ביקשה התנועה כי תבוצע בדיקת הליך המינוי לאלתר, כדי שניתן יהיה להשפיע בזמן אמת על בחירה ראויה של מנכ"ל.לפי פרסומים חדשים, הצבעת נציגי משרד התחבורה בוועדת האיתור, שנעשתה בתאריך 16/05/2010, הייתה בלתי הגיונית באופן שמעלה חששות כבדים לגבי תקינות ההליך.אם כן, ההצבעה של נציגי משרד התחבורה שינתה את המפה בצורה קיצונית שתוארה בתקשורת כ"מוזרה" או "משוללת כל היגיון" .
לאור חשיבותה של ועדת האיתור ולאור הפרסומים בעניין חוסר הסבירות שבהצבעת נציגי משרד התחבורה, ראוי לדעתה של התנועה כי יתבררו מניעיהם והנסיבות לשינוי בהצבעת הנציגים, וכן נפקותם לעניין בחירת המנכ"ל החדש של רכבת ישראל.בראי אותה התנהלות, לדעתנו יש לבחון את ההיבטים המשמעתיים ו/או הפליליים של התנהלות זו, ובמידת הצורך לשקול את החלפת נציגי משרד התחבורה בנציגים אחרים, שמערכת קבלת ההחלטות שלהם תהיה בלתי תלויה באופן שיוביל למינוי האדם המתאים ביותר למשרה ציבורית חשובה זו. כמו כן, מבקשת התנועה לבחון לעומק את הקשר וההשפעה לכאורה של השר כץ על ההתנהלות האמורה כפי שפורטה לעיל, ובמידת הצורך, מבקשת התנועה כי תפתח חקירה בעניין הנדון.