עשרות מיליוני שקלים מכספי הציבור לתמיכה בעמותות נחסכו עקב עתירת התנועה לאיכות השלטון לבג"ץ בנוגע לאי סדרים בניהול כספי תמיכות המדינה בעמותת "אל המעיין".
בעקבות בג"ץ שהגישה התנועה לאיכות השלטון, הונהגו רפורמות בניהול הכספי של עמותת "אל המעיין" ועמותות נוספות אשר התגלו בהן אי סדרים כספיים וקוצץ תקצוב תמיכת משרד החינוך ב"אל המעיין" במיליוני שקלים.
עקב העתירה נקבע הסדר מיוחד לפיו תופעל סנקציה כנגד כלל המוסדות שנהנו מכספי התמיכות בין השנים 2002-2004 אשר התגלו בהן אי סדרים כספיים בשיעור של 40% מכספי התמיכה משנת 2004.

במרץ 2003 עתרה התנועה בנוגע לתמיכת משרד החינוך בעמותת "אל המעיין". במסגרת העתירה הועלתה הטענה כי עמותת "אל המעיין" הגישה לוועדת התמיכות במשרד החינוך דיווחים כספיים שאינם נכונים בכל הנוגע להוצאותיה בשנת 2002. במסגרת העתירה התבקש בית המשפט, בין היתר, להורות למדינה להקפיא את העברת הכספים לשנת 2002, וכן לקזז כל תשלום יתר שניתן לעמותת "אל המעיין". בג"ץ הוציא צו ביניים שהקפיא את העברת הכספים ואכן בעקבותיו לא הועבר כל תשלום לעמותת "אל המעיין".
במכתב שנשלח השבוע למנהלת המחלקה הכלכלית והמחקר בתנועה, עו"ד נילי אבן חן, נאמר כי ביום 28/12/2003 הוחלט לקזז סכום של 1,351,541 ₪ מכספי התמיכה לשנת 2002 לעמותת "אל המעיין", בגין אי התאמה בין דוחות הביצוע לבין הדוחות הכספיים. סכום הקיזוז הנ"ל הוקפא עד להשלמת הבדיקות בנוגע לדוחות הביצוע השונים.
עו"ד יוכי גנסין, מנהלת תחום עניינים מנהליים בפרקליטות המדינה, ציינה במכתב את תרומתה הניכרת והמשמעותית של העתירה בכל הנוגע לבדיקה המעמיקה שנערכה לעמותת "אל המעיין" ועמותות דומות. היא הוסיפה כי התייחסות משרדי החינוך והמשפטים לליקויים שנתגלו באופן ניהול העמותה הובילו לארגון מחדש של פעילותה. כמו כן, בגין פעילות העמותה לשנת 2004 קבלה העמותה רק 60% מהתמיכה אותה הייתה מקבלת לולא ליקויי העבר.
עו"ד גנסין ציינה: "תרומתה של התנועה לאיכות השלטון במעקב אחר אי סדרים בתחום העתירה, שעניינה כספי תמיכות המדינה בהיקף של עשרות מיליוני ₪ בשנה, וכן במערכות השלטון הציבורי בכלל, כמו גם הגשת העתירה, הובילו הלכה למעשה, לחיסכון ניכר של עשרות מיליוני שקלים בכספי ציבור; להקפדה על הגשת דיווחי אמת ולמעקב ופיקוח ממשלתי ראויים בידי עובדי הציבור טרם הקצאת כספי ציבור לגופים נתמכים ובכך אף לשמירה על שלטון החוק, ועל כך תבואו על הברכה".